woof_custom_filter_items_order

Хук woof_custom_filter_items_order дает возможность изменять порядок элементов фильтра, передает массив ключей фильтров (ключ раздела фильтра можно найти, нажав на его дополнительные опции во вкладке Структура)

Пример:

add_filter('woof_custom_filter_items_order', function($order){    
    //your code here
    $order=['by_price','pa_color', 'by_text', 'product_cat', 'pa_size'];    
    return $order;
});