woof_custom_filter_items_order

Хук woof_custom_filter_items_order позволяет изменить порядок элементов фильтра, передаёт массив ключей фильтров (ключ секции фильтра можно найти, нажав на её дополнительные опции на вкладке Structure)

Пример:

add_filter('woof_custom_filter_items_order', function($order){    
    //your code here
    $order=['by_price','pa_color', 'by_text', 'product_cat', 'pa_size'];    
    return $order;
});