woof_custom_filter_items_order

El hook woof_custom_filter_items_order permite cambiar el orden de los elementos del filtro, recibe un array de claves de filtro (puedes encontrar una clave de sección de filtro haciendo clic en sus opciones adicionales en la pestaña Estructura)

Ejemplo:

add_filter('woof_custom_filter_items_order', function($order){    
    //your code here
    $order=['by_price','pa_color', 'by_text', 'product_cat', 'pa_size'];    
    return $order;
});