woof_custom_filter_items_order

Hook woof_custom_filter_items_order da la posibilidad de cambiar el orden de los elementos del filtro, pasa un array de claves de filtro (puedes encontrar la clave de sección del filtro si haces clic en las opciones adicionales de la pestaña Estructura)

Ejemplo:

add_filter('woof_custom_filter_items_order', function($order){    
    //your code here
    $order=['by_price','pa_color', 'by_text', 'product_cat', 'pa_size'];    
    return $order;
});