woof_custom_filter_items_order

O hook woof_custom_filter_items_order oferece a capacidade de alterar a ordem dos elementos do filtro, passando um array de chaves de filtro (você pode encontrar a chave da seção de filtro clicando em suas opções adicionais na tab Structure)

Exemplo:

add_filter('woof_custom_filter_items_order', function($order){    
    //your code here
    $order=['by_price','pa_color', 'by_text', 'product_cat', 'pa_size'];    
    return $order;
});